Das Gebührenreglement hat grosse Änderungen erfahren. Neu werden bei vielen Massnahmen jährlich gleichbleibende Gebühren verlangt, unabhängig davon ob eine Kontrolle stattgefunden hat.

Die KUL versendet im Normalfall keine Rechnungen mehr, die Gebühren werden entweder von den Direktzahlungen abgezogen, oder GELAN versendet eine separate Rechnung (je nach Wunsch des Betriebsleiters). 

Für die öffentlich-rechtlichen Massnahmen gibt die Verordnung für die Koordination der Kontrollen des BLW vor, wie oft kontrolliert werden muss (meist innerhalb 4 oder 8 Jahren einmal). Das Landwirtschaftsamt ist verantwortlich für die jährliche Auftragserteilung der Kontrollen.